Junto ao Rio Piraquê-açu, que banha as praias de Santa Cruz de Aracruz, existem 2 (duas) unidades de conservação ambiental federais e 1 (uma) unidade de conservação ambiental municipal: a Área de Proteção Ambiental (APA) Costa das Algas, que se estende de Costa Bela, em Jacaraípe, Serra, até Praia dos Quinze, em Barra do Sahy, Aracruz; o Refúgio de Vida Silvestre (RVS) de Santa Cruz, que se estende de Rio Preto, em Praia Grande, Fundão, até a Foz do Rio Piraquê-Açu, em Santa Cruz, Aracruz; e a Reserva de Desenvolvimento Sustentável (RDS) Municipal Piraquê-açu e Piraquê-mirim.
As unidades abrigam ambientes costeiros e marinhos de relevante interesse econômico e ecológico e são administradas pelo Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) e pela Secretaria Municipal de Meio Ambiente de Aracruz (SEMAM).
A Rede Santa Cruz de Ecologia e Cultura promove debates e projetos pela proteção das áreas de preservação, que abriga um dos maiores estuários de manguezal das américas, e pelo desenvolvimento do turismo sustentável na localidade, através de iniciativas de passeios e eventos ecológicos e culturais e da participação em associações e conselhos regionais.